我院共有内设机构12个，政法专项编制105人、工勤编制9人。现有干部、职工102人，其中员额检察官44人，检察辅助人员41人，司法行政人员17人。现有领导班子成员7名，检委会专职委员2名，检委会委员13名。院机关党委下设3个支部，有在职党员101人，离退休党员2人。

　　2013年以来，先后荣获省级以上集体荣誉百余项。2014年4月，被高检院荣记“集体一等功”。2016年4月，被高检院授予“全国先进基层检察院”称号。连续13届被高检院、检察日报社评为“全国检察宣传先进单位”，连续8届被省委、省政府评为“省级文明单位”。控申接待室在连续4届被高检院评为“全国检察机关文明接待室”的基础上，被高检院授予“全国检察机关文明接待示范窗口”荣誉称号，2017年10月，高检院继续保留福清市检察院该荣誉。驻所检察室连续3届被高检院评为“全国一级规范化检察室”。检察委员会于2016年被高检院评为“全国检察机关检察委员会规范化建设示范单位”。2019年，第七检察部获评全国维护妇女儿童权益先进集体荣誉称号。2020年，福清市检察院被高检院评为“法治进校园”全国巡讲活动表现突出单位，第四检察部被高检院评为全国特赦工作突出集体。2021年，被最高检确定为经济犯罪检察工作联系点，被共青团中央命名为全国青少年维权岗。2023年，第七检察部被中华全国妇女联合会评为“全国巾帼文明岗”。